Ancien élève de l’IEP de Paris et de l’ENA, Jean-Philippe Vinquant commence sa carrière à l’Inspection générale des affaires sociales en 1997. 

À l’issue de plusieurs missions, il intègre le cabinet de M. Aubry, puis d’E. Guigou, ministres de la Santé et de la Solidarité. 

Après avoir été adjoint à la cheffe de l’Igas de 2001 à 2002, il effectue sa mobilité après de l’Acoss et de l’Urssaf Paris-Région parisienne. 

Nommé en 2005 sous-directeur du financement du système de soins à la direction de la Sécurité sociale, il a contribué à la préparation de cinq PLFSS et à des réformes comme la création des Agences régionales de santé. Il assure ensuite, de décembre 2009 à mai 2012, la fonction de secrétaire général du Haut Conseil pour l’avenir de l’assurance maladie. 

Conseiller technique puis conseiller des Premiers ministres J.-M. Ayrault et M. Valls entre mai 2012 et juin 2015, il est chargé de la protection sociale, de la lutte contre la pauvreté et des comptes sociaux. 

Directeur général de la cohésion sociale de juin 2015 à août 2019, il a exercé ses fonctions auprès de différents ministres et secrétaires d’État, avec la qualité de délégué interministériel à la famille, délégué interministériel aux droits des femmes et à l’égalité entre les femmes et les hommes et délégué interministériel à l’innovation, à l’expérimentation sociale et à l’économie sociale. Il siège au conseil de la Caisse nationale de solidarité pour l’autonomie et co-préside un atelier de la concertation Grand Âge et autonomie. 

Il a réintégré l’Igas en août 2019 où il a été nommé en mai 2020 président du collège et du comité des pairs « Protections sociale ». Il préside depuis juin 2021 la commission Démographie et questions sociales du Conseil national de l’information statistique, et est conseiller scientifique auprès de l’école nationale supérieure de la sécurité sociale. 

Président depuis peu (mais on ne l'imagine plus sans lui), il mesure sa chance de travailler quotidiennement avec Marco Geraci.

Chargé d’enseignement à l’université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, il est auteur d’articles publiés dans différentes revues et coauteur avec Dominique Polton de l’ouvrage « Santé et Libertés, faut-il choisir ? » publié en 2021 à la Documentation française.