Le programme de travail adopté pour l’année 2021 comprend, d’une part, la poursuite de travaux engagés en 2020 et, d’autre part, de nouveaux projets portant sur les financements locaux en direction de l’enfance ainsi qu’un bilan des avancées en matière de participation et de droits de l’enfant dans les politiques publiques. 

Il intègre de manière transversale les effets de la crise sanitaire liée au Covid‑19 et les inquiétudes environnementales auxquelles enfants et adolescents sont confrontés, et s’inscrit dans un contexte de renouvellement du Conseil et d’évolution du Collège des enfants.​

Le programme prévoit d’abord un séminaire partenarial « Premiers Pas. Développement du jeune enfant et politique publique », organisé avec la Cnaf et France Stratégie, qui devra proposer un cadre structuré d’action publique en petite enfance, centré sur le développement du jeune enfant, la réduction des inégalités d’environnement, le soutien aux familles et la conciliation des temps de vie. 

Il comprend ensuite un rapport sur « la traversée adolescente des années collège », qui analysera la santé mentale, le bien‑être, les comportements de santé et les socialisations à partir de données Enclass/HBSC et de travaux qualitatifs, avec une finalisation envisagée au printemps 2021.​

En outre, le programme inclut également un travail sur la santé et la scolarisation des enfants avant 6 ans en Guyane, à Mayotte et à La Réunion, fondé sur des enquêtes de terrain et tributaire de la situation sanitaire, ainsi qu’un ensemble de travaux sur les droits de l’enfant, visant à suivre l’examen de la France par le Comité des droits de l’enfant de l’ONU et la mise en œuvre de la résolution de l’Assemblée nationale sur la prise en compte des droits de l’enfant. 

Enfin, il comporte l’animation et le suivi du Collège des enfants, avec une valorisation du travail mené depuis 2017 et la diffusion de la méthodologie de participation, et une étude sur les contributions financières des collectivités territoriales en faveur des enfants, destinée à éclairer les évolutions souhaitables de ces financements.